TOUT UN TRAVAIL D’ÉQUIPE

Un article de la série "Sous l'oeil du microscope" admin le 12 décembre 2014

Le Dr David De Koeyer, un généticien et bioinformaticien au Centre de recherches sur la pomme de terre d’AAC travail avec l’industrie de la pomme de terre sur plusieurs améliorations et nouvelles technologies depuis près de 15 ans. Son travail démontre que les données volumineuses et les TI en conjonction avec la biotechnologie peuvent offrir de nouvelles solutions au domaine agricole. « C’est une expérience merveilleuse. Mes travaux de recherche ciblent les besoins de l’industrie. Nous tentons d’élaborer de meilleures variétés afin de répondre aux demandes de l’industrie et nous tentons de le faire de façon plus efficace et efficiente. »

La pomme de terre est une culture importante dans le monde et il s’agit d’une source alimentaire importante pour les pays en développement. Les pommes de terre cultivées sont très sensibles aux pestes et aux pathogènes, il est donc important de comprendre le génome et la physiologie de la pomme de terre afin d’élaborer des outils pour l’améliorer.

Le Dr De Koeyer travaille étroitement avec les généticiens, les microbiologistes et les techniciens du Centre afin d’effectuer le séquençage génétique qui informe et améliore le processus de sélection des plantes-mères pour la culture de la pomme de terre. « Nous caractérisons le génotype des variétés de pommes de terre, dit-il, et nous tentons d’identifier les gènes d’intérêt comportant des traits spécifiques grâce à des marqueurs d’ADN. » En collaboration avec la Dre Helen Tai, il travaille à l’identification des marqueurs génétiques qui ont un impact sur le comportement des pommes de terre entreposées, une question importante pour l’industrie puisque les transformateurs n’apprécient pas toujours les changements qui s’opèrent dans les pommes de terre.

La Dre Claudia Goyer travaille avec le Dr De Koeyer afin d’explorer l’effet des pathogènes sur l’expression génétique, puisque les pathogènes peuvent avoir un effet dévastateur sur l’industrie. Le travail qu’il effectue avec sa collègue vise à identifier les parents potentiels beaucoup plus tôt dans le cycle reproducteur. Non seulement cette pratique comporte-t-elle une application industrielle importante pour les cultivateurs de pommes de terre d’aujourd’hui, cette méthode de sélection permettra à l’industrie de s’adapter plus rapidement aux conditions environnementales changeantes de l’avenir.

Depuis l’émission de la séquence génomique de la pomme de terre en 2011, le Dr De Koeyer l’utilise à titre de génome de référence afin d’aider les généticiens à séquencer de nouvelles variétés de pommes de terre. « Ces données sont très complexes, nous devons donc les condenser et les transférer dans un format convivial que les généticiens et les autres scientifiques sont en mesure d’utiliser », dit-il. C’est là que le rôle de bioinformaticien du Dr De Koeyer prend toute son importance. Il permet aussi une collaboration accrue au-delà des frontières et des secteurs. « Je crois que c’est particulièrement important maintenant, alors que nous nous passons à la technologie basée sur l’ADN et sur l’information, certains de ces principes peuvent facilement s’appliquer à d’autres cultures ou à d’autres espèces. » Le Dr De Koeyer travaille déjà en collaboration avec des centres de recherche sur la pomme de terre au Pérou et en Colombie afin de mieux comprendre la culture des pommes de terre à différentes altitudes, et il y voit des applications potentielles pour son travail sur d’autres cultures et d’autres industries, y compris l’aquaculture.

« Nous possédons du personnel hautement qualifié ici à Fredericton », dit le Dr Dr Koeyer. Avec ses collègues, il a été en mesure de rencontrer des bénéficiaires de son travail lors de la Journée des parties prenantes, un événement exclusif à l’industrie qui s’est tenu en novembre. « Il s’agissait d’une excellente occasion de partager avec eux et de déterminer comment nous pouvons collaborer afin de répondre à leurs besoins. »

Lisez à propos d’autres scientifiques du Centre de recherches sur la pomme de terre Dre Helen Tai et Dre Claudia Goyer.

Mots clés